El diagnóstico de la disautonomía llega a ser complejo debido a la amplia variedad de síntomas y su similitud a otros trastornos.
Por lo general esto comienza con analizar la historia clínica detallada y realizar un examen físico enfocado en la respuesta del cuerpo a diferentes posturas, temperaturas, esfuerzos y estados emocionales.
También con frecuencia se solicita la prueba de mesa basculante o tilt table test, que permite evaluar la presión arterial y la frecuencia cardíaca al cambiar de posición, así como monitoreos cardíacos prolongados con un estudio Holter, o estudios de sudoración y de variabilidad de la frecuencia cardíaca.
Adicionalmente es posible que se indiquen análisis de sangre, estudios de función autonómica y, en ocasiones, pruebas genéticas si se sospechan formas hereditarias.
Llegar al diagnóstico de la disautonomía requiere de la colaboración de diversos especialistas como neurólogos, cardiólogos o reumatólogos, aunque el tipo de especialistas variará en función al perfil de síntomas.
Debido a que no hay una única prueba concluyente para su diagnóstico, con frecuencia se llega por exclusión y se basa en una evaluación integral en función a los hallazgos tanto de laboratorio como clínicos.
